Родился 9 (22) января 1915 года в деревне Харино Новосибирской области в крестьянской семье. Русский. Окончил 4 класса. Работал на Листвянских угольных шахтах.

В Красной Армии с 1936 года. В 1942 году окончил курсы младших лейтенантов. Член ВКП(б)/КПСС с 1943 года. Служил на Дальнем Востоке. Участник советско-японской войны 1945 года.

Командир взвода 630-го стрелкового полка (388-я стрелковая дивизия, 15-я армия, 2-й Дальневосточный фронт) лейтенант Семён Шахматов с вверенным ему взводом 9 августа 1945 года ворвался на окраину китайского города Фуюань и уничтожил два японских дзота.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 8 сентября 1945 года за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с японскими милитаристами и проявленные при этом мужество и героизм лейтенанту Шахматову Семёну Семёновичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№ 8954).

С 1947 года старший лейтенант Шахматов С.С. - в запасе. Окончил курсы горных техников. До 1970 года трудился на различных хозяйственных и административных работах на Листвянских шахтах. Скончался 29 декабря 1981 года. Похоронен в посёлке городского типа Линёво, ныне входяшим в состав Искитимского района.

Награждён орденом Ленина, медалями.

• "Пиксель"
• "Черепановские вести"